Sau Chiến tranh, Trần lên làm Tổng tham mưu trưởng và Tư lệnh Hải quân. Ông theo lệnh Tưởng bắt đầu tấn công vùng giải phóng do Hồng quân chiếm đóng, dẫn đến Nội chiến Trung Hoa lại bùng phát.

Năm 1947, Trần đến Mãn Châu chỉ huy Quân đội Quốc dân chống lại quân Cộng sản. Ông phạm sai lầm chiến lược khi giải tán các trung đoàn bảo an địa phương, vì họ từng phục vụ trong Quân đội Mãn Châu Quốc, kết quả là quân số lực lượng Quốc dân tại Mãn Châu từ 1,3 triệu người chỉ còn không đến 480.000. Ông cũng cách chức một số tướng lĩnh có khả năng nhất trong Quân đội Quốc dân, như Đỗ Duật Minh, Tôn Lập Nhân, Trịnh Động Quốc và Trần Minh Nhân. Kết quả là ông liên tiếp thảm bại và Tưởng Giới Thạch cách chức ông và phái Vệ Lập Hoàng làm Tư lệnh thay thế, Phạm Hán Kiệt làm Phó tư lệnh và Chủ nhiệm Bộ Tư lệnh tiền tuyến Cẩm Châu. Trần đi Đài Loan nghỉ phép để chữa bệnh dạ dày kinh niên.